METAL GEAR SURVIVE gaat verder vanaf het einde van METAL GEAR SOLID V: GROUND ZEROES in een alternatieve tijdlijn, veroorzaakt door onverklaarde wormhols die zich in de lucht vormen.

Spelers bevinden zich op verwrongen woestijnlandschappen vol met enorme, halfgevormde structuren, levende biologische bedreigingen en de overblijfselen van een eens zo sterke militaire macht die nu in het landschap liggen. In een strijd om te blijven leven op dit barre terrein vol met dodelijke wezens, moeten soldaten die eerder op Moederbasis waren nu samenwerken om te overleven.